養育費減額の調停について

先日、元旦那から養育費減額の調停申立書が届きました。
元々、話し合いをし公正証書にしています。去年の12月より、相手の収入が上がる予定だったので、その月から養育費が上がる内容にしていました。
減額に応じ、公正証書の内容変更した場合、さかのぼって以前の養育費を返金することになるんでしょうか?

養育費の減額が認められる場合、調停を申し立てた時点からの減額となることが多いです。
その場合は、以前に遡ることはなく、返金する必要はありません。

申し立てた時点とは、相手方から私に書類が届いた時点ですか?

裁判所への申立日とお考えいただいてよいかと存じます。

減額決定後からの減額であれば応じると言うことは通るのでしょうか?

調停でそのような合意(たとえば調停成立日の属する月から)ができるかどうかだと思います。
審判になれば、申立日からになることが多いです。