時効についての質問です

確定申告が煩わしいため特定口座【源泉徴収あり】のみで資産運用をしています。 ふと疑問に思ったのですが‥ 特定口座以外で運用している人が故意に確定申告せずに時効が成立したらどんなに悪質で証拠があっても罪にならないし・税金を支払う義務もなくなるのですか?

いろいろ批判はありますが、時効制度は「そういうもの」です。悪質で証拠がある場合は、時効にかかる前に責任が追及されることが多いです。
なお、民事の消滅時効(払わなくてよくなる)と刑事の公訴時効(罪に問われなくなる)は期間が異なるのが普通です。