これから起こりうることを教えてください。

私は5年ほど前から事務経理担当として勤めています。
会社の小口現金が足りず、急を要する出金を求められた時手元にあった売上金から抜いて小口を回していました。
レシートや領収書を小口現金の会計ソフト入力でマイナスにしてしまうと怒られると思い、お金は出したけどレシート等は捨ててしまっていました。
誰にも相談せず、合わないのは自分のせいだと思い込み今までやってきましたが、金額はどんどん大きくなり200万ほどになってしまいました。

上司が今調査を進めていて、今後調査のために自宅待機になったりすると言われています。また、レシートを捨てたとか、なくしたとかは話にならないからねと言われたので捨てていたことはまだ言えていません。

また、売上計上を忘れてしまっていたり、一般的に横領と疑われても仕方がないと思っています。(売上計上についてはミスで見落としてしまっていました。)

レシート等は捨ててしまったのは自分でも分かっているので、損失を出してしまった分は支払おうと思っています。

この場合の今後くだされる処分や、今私が取るべき行動を教えて頂きたくご相談させて頂きました。

ご回答のほど、よろしくお願いします。

民事上の問題としては、懲戒処分や損害賠償請求がなされる可能性があります。

刑事上の問題としては、会社が横領の疑いがある等として警察に相談に行き、警察も捜査に着手をする可能性があります。

いずれにしましても、非常に厳しい状況にあることは間違いないものと思います。
心中お察しいたしますが、速やかに、より詳細な事情や経緯等を個別に弁護士に伝え、対応方針等をご相談いただくことをお勧めいたします。
場合によっては、今後の会社とのやり取りについても弁護士に代理してもらうことも考えられます。

ご回答ありがとうございます。

上司からはもし出来心でなにか自分でも心当たりがあるなら、会社内で済む問題だし、あなた自身の為でもあるから正直に言ってほしいと言われていましたが、捨ててしまったレシートの経緯も話した方がいいでしょうか?

嘘をつくことや、隠し事をすることは基本的にはお勧めいたしません。

基本的な姿勢としては、正直に話をして、信じてもらうように努力をするべきです。

もっとも、客観的な資料がなく、話を信じてもらえない場合や、個人では対応しきれない場合には速やかに個別に弁護士にご相談ください。

ご記載いただいた事実関係を拝見するかぎり、捨ててしまったレシート等に対応する出金について同僚の証言を得られるかどうかがポイントになってくるかと存じます。仮にそのような証言が全く得られない場合、おそらく出金はしたけれどもレシート等を捨ててしまったというあなたの弁明を信用してもらうことは難しいのではないかと存じます。

いずれにせよ、覚えている範囲の直近の出金だけでもよいので、レシート等を捨ててしまった出金があった日付や大体の金額についてノートにまとめておいた方が良いかと存じます。