業務車両の修理代の支払いについて

仕事でバスの運転手をしております。3年前の冬に凍結路面でスリップ事故を起こしました。その半年前にも追突事故を起こしていた関係もあり、スリップ事故の修理代76万の半分の38万を支払う事になりました。
社長の説明では修理代を取るのは、事故を起こさない運転をする為の心構えになってもらう為という事です。1年間は毎週土曜日に丸一日タクシー車両運転した時の売上の3割を修理代から、引いていくという事でした。しかし貸切バス運行などもあり、タクシーあまり乗れず、金額的にもほとんど減りませんでした。そして昨年の6月から残額を給料から毎月一万ずつ引かれております、給与明細には載らない形です。私以外にも事故を起こしたドライバーは社長に修理代の1部を借金した事で手書き書類にサインをさせられます。毎月少しずつの返済で退職時は一括で支払いになっております。
そこでお聞きしたいのは、いくら労働条件通知書に事故の負担金の事が記入されていても、修理代の半分も取れるのか?そして給与引き落としではなく、社長への借金にさせられ、社長に返済するのは違法ではないかをお聞きしたいです。
また退職時の一括払いを守らないとならないのかも知りたいです。近いうちに転職を考えております為、お聞きした次第です。
どうぞよろしくお願い致します。

給与から1万円ずつ天引きされている点については、天引きの根拠となる労使協定がなければ、労働基準法24条1項の全額払いの原則に(場合によっては同法17条の前借金相殺の禁止にも)違反している可能性もありますので、会社を管轄する労基署に相談することも考えられるかと存じます。

あなたに過失がある事故については会社が信義則上相当と認められる範囲で会社はあなたに損害賠償請求を行うことが可能ですが、修理代の半分を請求することが信義則上相当と認められるかどうかは具体的な事実関係によりますので、明確な回答は難しいですが、ご事情によってはたとえば4分の1程度まで下げるよう交渉する余地もあったかと存じます。