敷金の返還に係る契約について

このほど、実家から出て賃貸物件に住むことになりました。物件も無事見つかり、先日管理会社さんの方で契約を済ましてきました。

その際、「敷金は一切返金しない」という説明を受けました。多少下調べしていたこともあり、敷金は返還しないといけないのでは?と思い、そのことを担当の方に質問しても「返還はされない」と言われてしまいました。
そういうものなのかとその場では契約書に判子を押してしまいました。

その後やはり気になり調べると、民法622条の2に「受け取った敷金の額から賃貸借に基づいて生じた賃借人の賃貸人に対する金銭の給付を目的とする債務の額を控除した残額を返還しなければならない」とあることを知りました。

ここで質問なのですが、
すでに契約を結んでしまっている場合、その契約は民法に優先してしまうのでしょうか?
それとも、その部分について修正・変更を求めることができるものなのでしょうか?

最悪、変に波風立てるよりも手切金のようなものと思って支払ってしまっても良いかなと思っているのですが、どうしてもモヤモヤが残るので、相談させてください。
よろしくお願いします。

この場合は、民法のほうが優先すると考えていいですよ。
トラブルにはなるでしょうが、裁判になれば、あなたのほうが、
優勢でしょう。
変更を求めても差し支えありませんが、もめるでしょうね。

ご回答ありがとうございます。

やはりそうでしたか。
揉めるのは本意ではないので、このまま気づかなかったふりをしたいと思います。
(その分、部屋は多少汚しても良いやくらいに考えて使ってしまおうとは思いますが)

おかげで心のモヤモヤが晴れ、それだけで随分と心持ちも変わりました。
本当にありがとうございました。