土地の瑕疵が原因で追加発生した各種費用は誰が負担すべきか教えてください。

土地の瑕疵が原因で追加発生した費用は誰が負担すべきかご教示ください。

新築の家を建てるため土地を購入しました。
購入した土地の強度を上げるためハウスメーカ側で土壌改良(杭打ちを実施)したところ井戸を埋めた跡が出てきました。
不動産屋(仲介)を通し売主(法人)に確認をしたところ売主側の瑕疵であると認めて頂き、井戸を埋める費用は負担するとの回答を頂きました。
しかしながら、井戸が原因で発生するその他費用については負担しないと言われました。

具体的に売主側の主張として、
1.土地の瑕疵については認めている
2.土地の改修、補修費用(井戸を埋める費用)は支払う
 理由:契約書に記載の改修、補修費用については売主で負担する
3.その他費用については支払わない
 理由:改修、補修費用以外の費用については契約書の記載がないため支払う必要はないと認識

上記に対し、こちらとしては以下の主張をしております。
1.新たに発生する土地の改良費用(工法変更+追加での杭打ち費用)については売主が支払うべき
 理由:土地の瑕疵が無ければそもそも発生し得ない費用のため売主に負担頂きたい
 ※井戸が発見されたために工法の変更が必要でありハウスメーカーからは別の工法での杭打ちを実施しなければ家が傾くなどの影響が発生する可能性があると説明あり
2.お祓い費用についても売主が支払うべき
 理由:井戸を取り崩す際は社会通念上お祓いをするのが一般的であるため売主に負担頂きたい
 ※こちらも井戸が無ければ発生し得ない費用と認識
3.確認申請の変更費用についても売主が支払うべき
 理由:土地の瑕疵が存在しない前提で行政側へ既に確認申請を実施済み
 ※土地の瑕疵が無ければそもそも確認申請の変更は発生せず、当該費用は発生しなかった費用であるため売主に負担頂きたい

上記の様に話が平行線となっているため【各種費用はどちらが負担すべきか】ご教示ください。

また売主(法人)に確認したところ元の所有者から土地を購入する際、井戸の存在の確認などは実施していないものの、書類上でのみの確認をしたため井戸の存在を認知していなかったとの事です。

古井戸という地中埋設物が存在したことについて,売主が契約不適合責任自体は認めているが,損害賠償の範囲について争いがあるということだと思います。
古井戸が発見されたために工法の変更が必要になったのであれば,工法変更に伴う確認申請変更費用や追加のくい打ち費用等は損害の範囲に含まれると思います。
お祓い費用については,必ずお祓いをしないといけないというものではありませんので,費用負担を余儀なくされたということは困難であり,法的には損害の範囲に含まれないと解される可能性の方が高いと思います。

いずれにしても,損害の範囲について,交渉で平行線のままであれば,訴訟を起こすか諦めるかの選択にはなります。

秋山先生
ご丁寧なお返事ありがとうございます。
工法変更に伴う確認申請変更費用や追加のくい打ち費用等は損害の範囲に含まれる旨、承知しました。

現状家が建たないまま時間が過ぎている上に話が平行線のため、今後の対応については改めて検討させて頂きます。