ローン会社の不手際によって、受けられるはずの制度が受けられなくなりそうです。

今年7月頃に新築注文住宅を購入したのですが
計画では2020年8月末着工、2020年12月18日完成引き渡し予定だったので
次世代住宅ポイント35万ポイント、住宅ローン減税13年受けられる予定でした。
ですがローン会社の方の不手際(必要書類に目も通さず審査部に送ったばかりに書類の不備が2週間以上経ってからわかる、2〜3日でできる仕事に2週間もかける)等で未だ着工ができず、次世代住宅ポイントはうけられなくなり、住宅ローン減税も10年になる可能性がでてきました。
この場合、ローン会社の方に責任はありませんか?
また、そういった事由により住宅ローン減税等の特別措置みたいなことはありますか?

引き渡しが遅れたことについてローン会社に原因があるということであれば、引渡しが遅れたことについての責任(損害賠償責任)を問うことは可能です。その場合、次世代住宅ポイントと住宅ローン減税11〜13年目までの部分に相当する金額が損害ということになるでyそう。
住宅ローン減税等の特別措置については、新型コロナウイルスの影響で遅れた場合には救済措置があるそうですが(下記URL)、ローン会社の責任で遅れた場合の救済措置は聞いたことがないですね。
https://www.mlit.go.jp/report/press/house02_hh_000153.html

回答ありがとうございます。
ローン会社に責任があるという証拠がないとやはり厳しいですよね…
参考になりました。ありがとうございました。

相手方が争うのであれば証拠は必要ですが、一つの決定的な証拠があるわけではないでしょうから、周辺の事実から主張を組み立てて行く必要がある事案ですね。