請求可能かどうかについて
不倫が原因で婚姻関係が破綻し別居に至りました。
別居開始当時、不倫相手とは交際解消していたようなのですが、別居を機に交際再開したようです（おそらく、配偶者から積極的に交際の申出をしたものと思われます）。
まずは不倫相手に慰謝料請求をしたいとおもっております。
別居前の分については慰謝料請求できると思うのですが、別居後の分についても請求可能でしょうか。
ちなみに別居前に婚姻関係が破綻したことは私も配偶者も認めております。
お困りのようですので、以下、ご質問にお答えします。
別居前に婚姻関係が破綻していたのであれば、別居後の不貞行為については慰謝料請求は認められません。
具体的な不貞期間や、証拠関係にもよってきますが、少なくとも双方代理人をつけての交渉段階であれば、不倫について一連の行為として解決に向けたお話になっていくのではないかと思います。
いずれにしろ、請求金額は具体的な事情によってくることになり、込み入った聴取と証拠の直接の確認が必要になるため、弁護士事務所へと相談されることをお勧めいたします。