特許の利用権について、販売金額の妥当性を教えてください

建築構造についての特許(登録済み)を持っております。ある大手建築会社がこの特許を活用した建築物を独占して建てたいと譲渡を熱望されております。私としてはこの特許権は手放さず、利用権のみを販売したいと考えております。
研究や試験など20年以上かけて得た特許ですので、利用権だとしても相応の金額を提示したところ、このような場合は建築総額の3%程度が一般的な利用権の金額と大手建築会社からは言われております。どの程度の利用料が一般的なレベルなのでしょうか?

一般的には、3~5%のようですが、あなたの特許は特別ですからね。
ただし、きまりはないので、メリットの大きさで判断するしかないですね。
利用許諾書で、利用期間や利用範囲を限定することになるでしょうね。

当該特許を独占的に利用したいという要望に応えるためには,ライセンス契約を締結して,専用実施権や独占的通常実施権という権利を付与することになります。
このような方法をとると,あなたにとっては,他の建築会社に特許利用権を与えて収益を得ることができなくなりますので,
利用料を通常よりも高く設定するのが普通であり,合理的です。

そもそも,特許の利用料にはいちおう「相場」がありますが,相場に従う必要もありません。
あなたと,建築会社との間で合意に至ることができれば,どのような割合で定めても構いません。
建築費用自体が高額ですから,わずかな割合の違いでも,収益には大きな影響があります。
せっかくの特許ですから,粘り強く交渉することをお勧めいたします。
また,ライセンス契約を締結するに際しては,不利な契約を結ばされることのないよう,弁護士に確認してもらうことを強くお勧めいたします。